По общемировым оценкам, основанным на 15 000 случаях, когда два анализа проводились одновременно, данный метод признан исключительно надежным в плане диагностики многочисленных синдромов, связанных с микроизменениями хромосом, которые не удается зафиксировать традиционными средствами.
Метод ДНК-микроматриц не выявляет сбалансированных хромосомных перестроек, так как они не вызывают клинической патологии. Он также не рассчитан на диагностику мозаичных форм хромосомных аномалий, которые встречаются менее чем в 8-10% общего числа клеток, причем встречаются так редко, что их трудно обнаружить даже в процессе цитогенетического анализа.