Методика не является абсолютно точной. Это подробное обследование, позволяющее выявить пусть и не все, но большинство пороков развития плода – около 80%. Разумеется, данная технология, как и всякая другая, имеет физические ограничения, что в результате может привести к ошибкам (нарушения малых размеров, такие как дефекты сердечной перегородки или аномалии фаланг, просто невозможно различить; кроме того, существуют дефекты, невидимые для ультразвука, такие как изолированная расщелина нёба). Некоторые аномалии отчетливо проявляются только на позднем сроке беременности или уже после рождения (нарушения мозговых извилин, ряд дисплазий скелета, кишечная непроходимость, дисфункции мочевыводящих путей). Наконец, иногда точность результатов морфологической эхографии может снижаться по причине таких факторов, как значительная толщина брюшной стенки матери, недостаток амниотической жидкости, неблагоприятное положение плода, а также наличие близнецов, затрудняющее обзор.